Pour installer Protégé (surtout le 4), il faut positionner les deux variables :
export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun/ export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin
Le répertoire bin doit être dans le PATH, sinon le script d'installation ne fonctionne pas.
J'ai eu des problèmes pour faire fonction Swoop avec le java installé par netbeansFX, j'ai utilisé le java du JDK.
usr/local/jdk1.6.0_14/bin/java -Xss4m -Xms30m -Xmx200m -classpath lib/swoop.jar org.mindswap.swoop.Swoop